Die Gemeinde grenzt direkt an den Südosten Berlins mit dessen Ortsteilen Lichtenrade, Gropiusstadt, Buckow, Rudow, dem Kosmosviertel in Altglienicke und Bohnsdorf. Im Nordosten der Gemeinde, in unmittelbarer Nähe der Berliner Stadtgrenze, liegen die Schönefelder Seen.
Schönefeld liegt an der Bundesstraße B 96a zwischen der Berliner Stadtgrenze und Teltow.
Die Landesstraße L 75 zwischen der Berliner Stadtgrenze und Mahlow führt ebenfalls über das Gemeindegebiet.
Die Bundesautobahnen A 113 und A 117 durchqueren das Gebiet der Gemeinde.
An der südlichen Gemeindegrenze verläuft die A 10 (südlicher Berliner Ring) mit dem Schönefelder Kreuz.
Auf dem Bahnhof Schönefeld (bei Berlin) verkehren zwei Regionalbahnlinien:
RB 24 nach Berlin-Lichtenberg über Berlin-Schöneweide und Berlin Ostkreuz
RB 32 nach Oranienburg über Berlin-Schöneweide, Berlin Ostkreuz, Berlin-Lichtenberg und Berlin-Hohenschönhausen
sowie zwei Linien der S-Bahn Berlin:
S-Bahn-Linie S 45 von Flughafen BER nach Südkreuz
S-Bahn-Linie S 9 von Flughafen BER nach Spandau